M&Aにおける株式譲渡では、譲渡益に対して税金がかかります。
個人の場合は所得税・住民税・復興特別所得税を合わせて約20.315%の税率が適用されます。
法人の場合は、法人税に加えて地方法人税や法人事業税などが関係するため、実際の税負担は決して小さくありません。
本記事では、株式譲渡にかかる税金の種類・税率・計算方法を解説します。
控除制度や税金対策の注意点も紹介するため、M&Aを検討中の方は参考にしてください。
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株式譲渡にかかる税金の仕組み
株式譲渡で発生した利益には、所得税・復興特別所得税・住民税が課されます。
合計税率は20.315%で、内訳は「所得税15%、復興特別所得税0.315%、住民税5%」です（令和19年まで）。
この税金は申告分離課税という方式で計算され、給与所得などとは分けて課税される仕組みです。
課税対象は、以下の2つに区分されます。
| 課税対象 | 概要 |
|---|---|
| 上場株式等 | 金融商品取引所に上場している株式やETF、公募投資信託などが該当 |
| 一般株式等 | 非上場株式が該当 |
この2つは原則として区分されており、損益通算はできません。
ただし、エンジェル税制上の特定中小会社が発行した株式に係る譲渡損失は例外です。
個人投資家が取引するのは主に上場株式等ですが、M&Aで譲渡する非上場株式は一般株式等に分類され、税務処理も異なります。
申告分離課税により、株式譲渡益は他の所得と合算されず、独立して税率が適用されます。
株式譲渡益にかかる税金の種類と税率
株式譲渡益にかかる税金は、譲渡する人が個人か法人かで種類と税率が異なります。
個人の場合は所得税・住民税・復興特別所得税の3つが課され、法人の場合は法人税が適用されます。
以下、それぞれの税金について詳しく見ていきましょう。
個人：所得税
個人が株式譲渡で得た利益には、15%の所得税が課されます。
この税率は上場株式等と一般株式等のいずれも同じで、譲渡益の金額に関わらず一律です。
課税方式は申告分離課税のため、給与所得などと合算されず、累進課税も適用されません。
計算式は 「（譲渡価額−取得費−委託手数料等）×15%」 です。
もしくは、まず「譲渡価額−（取得費＋委託手数料等）＝譲渡益」を計算し、次に「譲渡益×15%＝所得税額」を計算する、2段階の方法です。
例えば、取得費100万円の株式を150万円で売却した場合、譲渡益50万円に対して7万5,000円の所得税がかかります。
個人：住民税
個人が株式譲渡で得た利益には、5%の住民税が課されます。
この税率は譲渡益の金額に関わらず一律で、所得税と同様に申告分離課税の対象です。
計算式は「譲渡所得等の金額×5%」となります。
例えば譲渡益が50万円の場合、住民税は2万5,000円です。
所得税15%、復興特別所得税0.315%と合わせると、合計20.315%の税負担がかかります。
住民税は都道府県税と市区町村税で構成されており、所得税と連動して計算されます。
特定口座の源泉徴収ありを選択していれば、証券会社が自動で天引きするため手続きは不要です。
ただし、確定申告を行った場合は翌年に市町村から納税通知書が届くケースもあります。
個人：復興特別所得税
個人が株式譲渡で得た利益には、復興特別所得税として所得税額の2.1%が加算されます。
復興特別所得税は、東日本大震災の復興財源として創設されました。
2013年から2037年まで適用され、計算方法は「所得税額×2.1%」です。
所得税が7万5,000円の場合、復興特別所得税は1,575円となり、譲渡益に対する実質的な税率は0.315%になります。
所得税15%、住民税5%と合わせると、個人の株式譲渡益にかかる税率は合計20.315%です。
特定口座で源泉徴収ありを選択していれば、所得税と住民税とともに一括で天引きされます。
復興特別所得税は2037年まで適用されるため、現時点で株式譲渡を行う場合は課税対象となります。
法人：法人税
法人が株式譲渡で得た利益は、他の所得と合算して法人税等の課税対象です。
法人税の国税部分は原則23.2％ですが、中小法人には一定の軽減税率があり、実際の負担は法人の規模や所在地などによって異なります。
なお、資本金1億円以下の中小法人は、年800万円以下の所得部分に15%の軽減税率が適用されます（本則19%を、租税特別措置法により時限的に軽減。令和9年3月31日開始の事業年度まで）。
個人と異なり、法人の株式譲渡益は分離課税ではなく、他の益金と合算して法人所得として課税されると把握しておきましょう。
計算方法は株式譲渡益を益金に加算し、課税所得全体に税率を乗じる形です。
法人は他事業の赤字と株式譲渡益を相殺できるため、損益通算の柔軟性が高い点が個人との違いです。
復興特別所得税は課されませんが、地方法人税や事業税、住民税は別途かかります。
該当者のみ：相続税・贈与税
株式を相続や贈与で取得した場合、譲渡益ではなく株式の評価額に対して相続税または贈与税が課されます。
これらは株式譲渡益課税とは別の税金で、該当する場合のみかかるため注意が必要です。
相続税は10%から55%の累進課税で、基礎控除は「3,000万円+600万円×法定相続人数」です。
上場株式は、以下4つの中から最も低い価格で評価されます。
- 死亡日の終値
- 死亡月の月平均終値
- 前月の月平均終値
- 前々月の月平均終値
贈与税も10%から55%の累進課税ですが、暦年課税の場合は年間110万円の基礎控除があります。
相続時精算課税を選択すると、累計2,500万円まで贈与税の特別控除が使えますが、この分は贈与者死亡時に相続財産に加算され、相続税の課税対象です。
なお、2024年（令和6年）以降は相続時精算課税においても年間110万円の基礎控除が創設されており、この範囲内であれば贈与税・相続税ともに非課税です。
相続税と贈与税は全財産の合計で判断されるため、株式のみで課税されるわけではありません。
株式譲渡にかかる税金の計算方法
株式譲渡にかかる税金は「譲渡価額−取得費−委託手数料等」で算出した譲渡所得等の金額に、20.315%の税率を乗じて計算します。
具体的には、譲渡益100万円の場合、所得税15万円と復興特別所得税3,150円、住民税5万円で合計約20万3,150円です。
取得費には、購入時の代金と手数料が含まれます。
同一銘柄を複数回購入している場合、取得費は原則として総平均法に準ずる方法で計算します。
計算式は「（直前の1株あたり取得価額×直前の保有株数＋今回譲渡までの追加購入価額）÷（直前の保有株数＋追加購入株数）」です。
売却のたびに1株あたりの取得価額を確定し、次回の計算の起点とします（一度も売却していない場合は「全購入価額合計÷全株数」と同じ結果）。
必要経費として控除できるのは取得費と売却時の委託手数料のみで、この差額が課税対象の譲渡益となります。
損失が発生した場合、上場株式等であれば同年の上場株式等の他の譲渡益や、申告分離課税を選択した上場株式等の配当所得との損益通算（相殺）が可能です。
また、控除しきれなかった損失は翌年以後3年間の繰越控除ができます。
ただし、給与所得・事業所得などとの損益通算はできません。
株式譲渡で利用可能な控除・特例制度
株式譲渡には高額な税金がかかりますが、要件を満たせば税負担を軽減できる控除・特例制度が用意されています。
M&Aや事業承継の場面で活用できる代表的な制度は、以下の3つです。
それぞれ適用条件や軽減効果が異なるため、自社の状況に合わせた選択が必要になります。
以下、各制度の内容を詳しく解説します。
組織再編税制
組織再編税制は、M&Aで保有株式を他社の株式と交換する際、譲渡益への課税を繰り延べる制度です。
適用要件を満たす組織再編では、株式交換や株式交付の場面で譲渡益課税が繰り延べられる場合があります。
主な特例は「株式交換の特例」と「株式交付の特例」の2つです。
「株式交換」では旧株を親会社株などに交換した場合、端数金銭が発生した部分のみ課税され、それ以外は非課税扱いとなります。
「株式交付」では対価の80%以上が株式であれば非課税です。
例えば、取得費1,000万円のA社株をB社株と交換した場合、交換時の税負担はかからず、B社株を売却する時点で課税されます。
旧株の取得費は新株に引き継がれるため、将来の譲渡益計算にも影響します。
事業承継税制
事業承継税制は、非上場株式を後継者に贈与または相続する際の贈与税・相続税を100%猶予し、一定条件で免除される制度です。
株式譲渡そのものではなく、事業承継のための株式移転で活用できます。
特例措置は令和9年12月31日まで適用され、全株式が対象で猶予割合は100%です。
一般措置は期限なしですが、対象株式は総株式数の3分の2まで、相続の猶予割合は80%に制限されます。
特例措置では後継者を最大3人まで認められる点も特徴です。
ただし、後継者が株式を第三者に売却した場合、猶予は取り消され、猶予税額と利子税の納付義務が発生します。
後継者の死亡や会社倒産時には免除されるケースもあります。
特例措置の利用には、令和9年9月30日までに特例承継計画の提出が必要です（令和8年度税制改正により延長の可能性あり）。
なお、贈与・相続の実施は令和9年12月31日までに行う必要があります。
欠損金の繰越控除
欠損金の繰越控除は、株式譲渡で損失が発生した場合に翌年以降3年間に繰り越して利益や配当から差し引ける制度です。
個人株主の場合は上場株式等に限定され、同年の配当所得との損益通算も可能です。
例えば、令和7年に上場株で300万円の損失が出たとします。
令和8年に200万円の譲渡益と50万円の配当があれば、課税所得はゼロです。
残り50万円（300万円 − 200万円 − 50万円）は、令和9年・10年に繰り越せます。
対象は特定口座など金融商品取引業者経由の上場株式等のみで、一般株式等やNISA口座、相対取引は適用外です。
繰越控除を受けるには損失が出た年だけでなく、繰越年も毎年確定申告が必要です。
法人税の欠損金繰越控除は10年間認められますが、個人の上場株式等は3年間に制限されている点が異なります。
株式譲渡の税金に関する注意点
株式譲渡の税金には、理解不足により想定外の税負担が生じるおそれがあります。
特に、以下に注意が必要です。
ここでは、株式譲渡で特に注意すべきポイントを解説します。
高額所得者の実質税率が上がる
株式譲渡の税率は通常20.315%ですが、基準所得金額が3億3,000万円を超える超高額所得者には追加の所得税が課される可能性があり、実質税率が上がります。
これは極めて高い水準の所得に対する負担の適正化措置によるものです。
基準所得金額は総所得金額と分離課税所得の合計で、上場株式等の譲渡所得も含まれます。
特定口座の源泉徴収ありを選択していても、納税者が自ら確定申告を行って申告・納付しなければなりません。
追加課税額は、超過部分に対する既存の実効税率が22.5%を下回る場合に限り発生し、その差額分が追加課税されます。
計算式は「（基準所得金額 − 3.3億円）× 22.5% − 基準所得税額＝追加課税額」です。
高い累進税率が課される給与所得が中心の場合、追加課税が発生しにくい一方で、株式譲渡益の割合が高い場合は追加課税が発生しやすくなります。
例えば、給与所得1億円と株式譲渡益3億円で基準所得が4億円の場合、超過分7,000万円に追加所得税がかかります。
国税庁サイトの計算書を使えば自動判定と計算が可能です。
親族への譲渡価格が低すぎると贈与とみなされる
親族に株式を著しく低い価格で売却すると、売却ではなく贈与とみなされ、時価との差額に贈与税が課されます。
贈与税の納付義務は株式を受け取った側にかかるため、親族間取引では適正価格の設定が必要です。
時価は相続税評価額または通常取引価額で判定され、実際の対価との差額が贈与として扱われます。
例えば、時価1億円の株式を親族に1,000万円で売却した場合、差額9,000万円が贈与とみなされ、受取人に贈与税がかかります。
基礎控除110万円を超える部分には累進税率が適用されるため、差額が大きいほど税負担も増加する点に注意しましょう。
扶養義務者による債務弁済目的など例外もありますが、個別事案ごとの判定となるため、事前に税理士への相談が必要です。
譲渡で損失が出ても給与所得等とは相殺できない
株式譲渡で損失が発生しても、給与所得や事業所得など他の所得とは一切相殺できません。
株式譲渡は申告分離課税のため、損失を控除できるのは上場株式等の利益や配当のみに限定されます。
例えば、給与所得500万円と上場株譲渡損失300万円がある場合、給与500万円に対してそのまま課税され、損失300万円は控除されません。
同年に上場株式等の配当があれば相殺可能で、翌年以降3年間の繰越控除も認められています。
逆に給与所得が赤字の場合でも、株式譲渡益から控除することはできません。
株式譲渡の損益は株式等の範囲内でのみ通算される仕組みです。
損失を活用するには上場株式等の配当との損益通算か、翌年以降の譲渡益からの繰越控除を検討する必要があります。
親族間の取引においても正式な契約手続きが必要
親族間の株式譲渡でも口約束だけでは不十分で、正式な契約手続きと対価の支払いを示す証拠がなければ全額贈与とみなされるリスクがあります。
税務調査で形式的な売買と指摘されやすいため、第三者との取引と同じ水準の証拠書類が必要です。
主な手続きは、以下の通りです。
- 株式譲渡契約書の作成
- 銀行振込など対価の支払い証拠
- 非上場株式：会社への譲渡承認と株主名簿書換
- 上場株式：証券口座移管と取引報告書の保管
例えば、親が子に株式を売ったと主張しても、契約書がなく金銭の移動もなければ、時価全額が贈与と認定され、子に高額な贈与税が課される可能性があります。
対価の支払いが実態として確認できない場合、著しく低い価額の判定で不利になるため、親族間でも正式な契約締結と金銭授受の記録が不可欠です。
まとめ｜株式譲渡の税金は事前準備と専門家相談で負担を最小限に抑えられる
株式譲渡では個人で約20.315%、法人で23.2%の税金がかかりますが、組織再編税制や事業承継税制などの控除・特例を活用すれば税負担の軽減につながります。
ただし、親族への低額譲渡は贈与とみなされる、基準所得金額が3億3,000万円を超えると追加課税されるなど、注意すべきポイントもあります。
税金計算は譲渡価額から取得費と手数料を差し引いて算出しますが、同一銘柄を複数回購入している場合は総平均法に準ずる計算が必要です。
株式譲渡の税務は専門性が高く、適切なアドバイザー選びが税負担の軽減に直結します。
「M&A比較ナビ」なら税務サポートの充実度や手数料体系を一目で比較でき、自社に合った専門家を見つけられます。
税負担を不必要に増やさないためにも、まずは無料相談を活用してください。
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株式譲渡の税金に関するよくある質問
以下では、株式譲渡の税金に関するよくある質問をまとめました。
- 株式譲渡益を会社の経費にできますか？
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株式譲渡益は会社の経費にできません。
株式譲渡による所得は申告分離課税で、事業所得とは完全に分離されるためです。
通常の株式投資は私人資産扱いとなり、株式取引にかかる費用を事業の必要経費に計上しようとしても、税務調査で否認されます。
譲渡益は収入として20.315%の税率で課税されるだけで、事業の赤字を埋められません。
- 赤字会社の株式でも税金はかかる？
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赤字会社の株式でも、譲渡益が出れば税金はかかります。
譲渡所得の計算は売却価額から取得費と手数料を差し引いて算出するため、発行会社の業績は一切関係ありません。
例えば、取得費500万円のA社株を700万円で売却した場合、A社が大赤字で配当ゼロでも譲渡益200万円に対して約40万6,300円の税金が課されます。
逆に赤字会社株を安く売って損失が出ても、給与所得などとは相殺できず、上場株式等なら配当や他の上場株益とのみ通算可能です。