事業譲渡と株式譲渡では、譲渡する対象だけでなく、売却代金の受取先や従業員・契約の扱い、税金の仕組みも異なります。
どちらを選ぶかによって、売却後に会社や株主へ残るものが変わるため、仕組みだけでなくM&A後の状態まで確認しておくことが大切です。
本記事では、両者の違いとメリット・デメリット、税金、選ぶ際の確認ポイントを中小企業の経営者向けに解説します。
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事業譲渡と株式譲渡の違い
事業譲渡と株式譲渡の大きな違いは、会社の「事業」を譲渡するのか、「株式」を譲渡するのかという点です。
それぞれの違いは以下のとおりです。
| 比較項目 | 事業譲渡 | 株式譲渡 |
|---|---|---|
| 譲渡対象 | 事業の全部または一部 | 株式 |
| 売り手 | 会社 | 株主 |
| 売却代金の受取先 | 売り手企業 | 株主 |
| 資産・負債 | 譲渡対象を個別に定める | 原則として会社に残る |
| 雇用契約 | 承継には従業員の承諾が必要 | 原則として継続する |
| 取引先との契約 | 個別の手続きが必要になる場合がある | 原則として継続する |
| 許認可 | 再取得などが必要になる場合がある | 継続可否を個別に確認する |
| 主な税金 | 法人税等・消費税 | 所得税等または法人税等 |
事業譲渡では会社が事業に必要な資産や契約などを選んで買い手へ移し、株式譲渡では株主の変更を通じて会社の経営権を移します。
売却代金の受取先や従業員・契約の扱いも異なるため、まずは両者の基本的な仕組みを整理しましょう。
事業譲渡とは
事業譲渡とは、会社が営む事業の全部または一部を、別の会社などへ譲渡するM&A手法です。
会社そのものを譲渡するのではなく、対象事業に必要な資産や権利、契約などを個別に定めて引き継ぎます。
複数の事業を展開している会社であれば、特定の事業だけを売却し、残りの事業を現在の会社で続けることも可能です。
主力事業へ経営資源を集中したい場合など、売却後も会社を残したいときに検討しやすい手法といえます。
ただし、契約や労働契約、許認可がすべて自動的に買い手へ移るわけではありません。
労働契約を買い手へ承継する場合は対象となる労働者本人の承諾が必要で、取引先との契約や許認可も個別に確認する必要があります。
株式譲渡とは
株式譲渡とは、株主が保有する株式を買い手へ譲渡し、株主の変更を通じて会社の経営権を移すM&A手法です。
株式譲渡後も会社の法人格は同じため、会社が保有する資産や負債は原則としてそのまま会社に残ります。
雇用主も変わらないので、株式譲渡だけを理由として従業員の労働契約を結び直す必要は原則ありません。
取引先との契約も契約主体が変わらないため基本的には継続し、資産や契約を個別に移す事業譲渡より手続きを抑えやすい点が特徴です。
ただし、支配権の変更を契約解除や事前承諾の条件とする条項がある場合は、株式譲渡でも通知や承諾が必要になることがあります。
譲渡制限株式を譲渡する場合は会社の承認が必要なため、定款や株式の種類も事前に確認しておきましょう。
事業譲渡と株式譲渡のメリット・デメリット
事業譲渡と株式譲渡には、それぞれ異なるメリット・デメリットがあります。
売却する範囲や承継手続き、引き継ぐリスクなどを比較し、自社の目的に合う方法を検討しましょう。
事業譲渡のメリット
事業譲渡のメリットは、売却する事業や資産の範囲を調整しやすい点です。
複数の事業を運営している会社であれば、一部の事業だけを売却し、それ以外の事業を現在の会社に残せます。
たとえば、採算性の低い事業を譲渡し、主力事業へ資金や人材を集中させるといった選択が可能です。
設備や在庫、知的財産などについても、どこまでを譲渡対象に含めるか契約で整理します。
買い手側も取得したい事業や資産を中心に交渉でき、引き継ぎたくない資産や負債を譲渡対象から外せる場合があります。
譲渡後に売り手が使い続ける資産や契約も含め、売るものと残すものを一覧にしておくと条件整理がしやすくなるでしょう。
事業譲渡のデメリット
事業譲渡のデメリットは、資産や契約などを個別に移すため、承継手続きが多くなりやすい点です。
取引先との契約を承継する際は、契約内容に応じて相手方の承諾を得たり、新たな契約を締結したりする場合があります。
従業員の労働契約を買い手へ承継する場合も、労働者本人から個別に承諾を得なければなりません。
許認可も制度ごとに扱いが異なり、買い手による再取得が必要な場合は、取得時期が事業の引継ぎスケジュールに影響します。
株式会社が事業の全部または重要な一部を譲渡する場合には、会社法上、原則として株主総会の承認が必要です。
資産だけでなく、事業継続に欠かせない契約・従業員・許認可と社内手続きまで洗い出し、クロージングまでの対応を整理しましょう。
株式譲渡のメリット
株式譲渡のメリットは、会社の法人格を維持したまま経営権を移しやすい点です。
株主が保有株式を買い手へ譲渡しても、会社そのものが別法人になるわけではありません。
会社が保有する資産や負債は会社に残り、従業員の雇用主も変わらないため、労働契約は原則として継続します。
会社全体を第三者へ承継したい場合は、事業譲渡のように一つひとつの資産を譲渡対象として指定する必要がない点もメリットです。
多くの契約関係を維持したまま承継できれば、売り手・買い手双方の手続き負担を抑えられる場合があります。
ただし、主要な取引先や金融機関との契約に支配権変更時の事前承諾条項がないかは、株式譲渡でも確認が必要です。
株式譲渡のデメリット
株式譲渡では、会社に残っている負債や潜在的なリスクも含めて買い手が検討するため、売却条件に影響する場合があります。
株主が変わっても、会社が負っている借入金などの債務が自動的に消えるわけではありません。
簿外債務や未払い残業代、税務上の問題などが見つかれば、買い手が買収価格や契約条件の見直しを求めることがあります。
そのため、売り手はデューデリジェンスで確認される財務・税務・法務・労務資料を早めに整理しておかなければなりません。
事業譲渡と違い、会社の中にある問題だけを譲渡対象から簡単に切り離せない点にも注意が必要です。
把握しているリスクを事前に整理し、必要に応じて専門家へ対応方法を確認しておくと、交渉段階での想定外を減らしやすくなります。
事業譲渡と株式譲渡にかかる税金
事業譲渡と株式譲渡では、売却代金を受け取る主体が違うため、税金の仕組みも異なります。
株式譲渡でも個人株主と法人株主では課税方法が異なるため、表面的な税率だけで有利・不利を判断しないようにしましょう。
株式譲渡では株主に譲渡益への税金がかかる
個人株主が非上場株式を譲渡して利益を得た場合、原則として「一般株式等」の譲渡益に所得税・住民税がかかります。
国税庁によると、基本税率は所得税15％・住民税5％で、2026年分は復興特別所得税を含めた実質税率が20.315％です。
課税対象となるのは売却代金そのものではなく、原則として収入金額から株式の取得費や譲渡費用を差し引いた譲渡益です。
一方、株主が法人の場合は、株式の譲渡損益を法人の所得計算に反映するため、個人株主と同じ税率では計算しません。
相続で取得した株式などでは特例が関係する場合もあるため、取得経緯を整理したうえで売却時点の税制を税理士へ確認しましょう。
事業譲渡では売り手企業に法人税等がかかる
法人が事業譲渡を行った場合、譲渡によって生じた利益は売り手企業の所得計算に反映され、法人税等の対象になります。
事業譲渡では、株主個人ではなく、事業を保有している会社が買い手から売却代金を受け取るためです。
法人税の計算では、資産の販売や譲渡によって得た収益は、原則として益金に算入されます。
そのうえで、事業年度全体の益金から損金を差し引き、所得を計算します。
このため、事業譲渡で生じた利益に一定の税率を掛けるだけでは、実際の税額は求められません。
会社の所得状況や繰越欠損金の有無などによっても税負担は変わるため、売却価格だけでなく課税後に会社へ残る資金まで確認する必要があります。
株主個人への資金化まで想定している場合は、会社から株主へ資金を移す方法に伴う課税も含めて試算しましょう。
事業譲渡では譲渡する資産によって消費税がかかる
事業譲渡では、譲渡対象となる資産の種類によって、消費税が課税されるものと非課税となるものがあります。
国内で事業者が事業として対価を得て行う資産の譲渡は原則として消費税の課税対象で、建物や機械、特許権などは一般に課税対象です。
営業権などの無形資産が譲渡対価に含まれる場合も、消費税の扱いを確認する必要があります。
一方、土地や株式などの有価証券の譲渡は非課税取引とされています。
したがって、事業全体の売却価格に一律で消費税を掛けるのではなく、譲渡する資産ごとに課税・非課税を整理しなければなりません。
契約締結前に各資産への対価配分を整理し、税理士へ課税関係を確認しておくと、クロージング後の税務処理も進めやすくなります。
事業譲渡と株式譲渡を選ぶ際に確認したい5つのポイント
事業譲渡と株式譲渡を選ぶ際は、税率だけでなく、売却後に会社・株主・従業員へ何が残るのかを順に整理します。
確認したいポイントは、以下の5つです。
売却代金の受取先や契約・許認可の承継方法にも違いがあるため、M&A後の希望から逆算して比較するのが有効です。
会社全体と一部事業のどちらを売却するか決める
最初に、会社全体を第三者へ承継したいのか、一部の事業を売却してほかの事業を残したいのかを決めましょう。
会社全体を承継し、現在の法人を残したまま経営権を買い手へ移したい場合は、株式譲渡が候補です。
従業員との雇用契約や会社が保有する資産なども原則として会社に残るため、会社全体を引き継ぐ目的と相性があります。
一方、複数事業のうち特定の事業だけを手放し、ほかの事業を現在の会社で続けたい場合は事業譲渡を検討できます。
たとえば、成長事業へ資金や人材を集中するため、別事業だけを第三者へ譲渡するといった選択です。
ただし、会社全体の売却でも税務や契約関係によって検討すべき方法は変わるため、まずは売却後に会社へ何を残したいのかを書き出しましょう。
売却代金を誰が受け取るか確認する
株式譲渡と事業譲渡では売却代金の受取先が異なるため、誰に資金を残したいのかを確認します。
株式譲渡では株式を譲渡した株主が対価を受け取り、事業譲渡では事業を譲渡した会社が対価を受け取るのが基本です。
オーナー経営者が自分の保有株式を売却する場合、株式譲渡の代金はオーナー個人へ入ります。
引退後の生活資金など、経営者個人への資金化を重視する場合に確認しておきたい違いです。
事業譲渡では会社が代金を受け取るため、残った事業への投資や会社の債務返済などに資金を使えます。
会社からオーナー個人へ資金を移す場合は別の取引と課税関係が生じるため、最終的な資金の残り方まで比較しましょう。
従業員や取引先への影響を整理する
従業員や主要な取引先との関係をできるだけ維持したい場合は、M&A後に誰の同意や承諾が必要になるのかを整理します。
特に事業譲渡では対象事業だけを別の会社へ移すため、関係者への個別対応が必要になりやすい点に注意が必要です。
労働契約を買い手へ承継する場合は対象となる従業員の承諾が必要で、厚生労働省の事業譲渡等指針でも真意による承諾を得るための説明・協議が示されています。
株式譲渡では雇用主である会社自体は変わらないため、労働契約は原則として継続します。
取引先については重要な契約を一覧にし、事業譲渡による承継や株式譲渡による支配権変更に承諾・通知が必要かを確認してください。
従業員や取引先への説明時期は情報管理にも関わるため、M&A仲介会社や弁護士と相談しながら計画を立てると安心です。
契約や許認可を引き継げるか確認する
事業を継続するために欠かせない契約や許認可を洗い出し、M&A後も利用できるかを事前に確認します。
売却自体が成立しても、必要な契約や許認可を使えなければ、買い手が予定どおり事業を開始できないおそれがあるためです。
事業譲渡では、賃貸借契約や取引基本契約などを買い手へ移す際に、相手方の承諾が必要になる場合があります。
許認可についても、事業譲渡による承継が認められる制度と、買い手による新規取得が必要な制度があります。
株式譲渡では会社自体が存続するため契約や許認可を維持しやすいものの、支配権変更条項や変更届などの確認は必要です。
重要契約と許認可は早めに一覧化し、承継可否・必要な手続き・所要期間をM&Aのスケジュールへ反映しましょう。
株主・会社が実際に受け取れる金額を確認する
M&Aの条件を比較するときは、売却価格だけでなく、税金や費用を差し引いた後に株主・会社へ残る金額を確認します。
同じ売却価格でも、株式譲渡と事業譲渡では対価を受け取る主体と課税方法が異なるためです。
個人株主による株式譲渡では取得費や譲渡費用を差し引いて譲渡益を計算し、所得税・住民税などを確認します。
事業譲渡では会社が対価を受け取り、譲渡損益を含む会社全体の所得を基に法人税等を計算します。
M&A仲介会社の手数料や弁護士・税理士などへの専門家費用も含めて、スキームごとに手残りを試算してください。
事業譲渡後に会社からオーナー個人へ資金を移したい場合は、その方法に応じた税負担まで含めて比較する必要があります。
どちらが適しているかは会社の状況や売却後の希望で変わるため、複数のM&A仲介会社や税理士などへ相談し、条件を比較すると判断しやすくなります。
まとめ｜事業譲渡と株式譲渡の違いを理解して自社に合う方法を選ぼう
事業譲渡と株式譲渡を選ぶ際は、譲渡対象だけでなく、売却代金の受取先や税金、従業員・契約への影響まで比較しましょう。
会社全体を第三者へ承継したい場合は株式譲渡、一部事業を切り離したい場合は事業譲渡が候補になりますが、個別の条件によって適した方法は変わります。
特に売却価格だけを見て判断すると、税金や手数料を差し引いた後の金額が想定と異なる場合があります。
会社・株主・従業員に何を残したいのかを整理し、契約や許認可の承継可否も確認したうえで手法を選ぶことが大切です。
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事業譲渡と株式譲渡の違いに関するよくある質問
最後に、事業譲渡と株式譲渡の違いに関するよくある質問に回答します。
- 事業譲渡と株式譲渡では、手続きにかかる期間は違いますか？
-
手続きにかかる期間は案件ごとに異なるため、一律には比較できません。
株式譲渡では会社自体が存続するため、資産や契約を個別に移転する必要は原則としてありません。
一方、事業譲渡では資産や契約を個別に移転し、従業員の労働契約を承継する場合は本人の承諾も必要になります。
希望する売却時期がある場合は、必要な手続きを事前に洗い出してスケジュールを確認しましょう。
- 事業譲渡と株式譲渡では、経営者保証の扱いはどう違いますか？
-
株式譲渡でも事業譲渡でも、M&Aが成立しただけで経営者保証が自動的に解除されるわけではありません。
株式譲渡では、対象会社の借入金がそのまま残る場合があります。
事業譲渡でも、売り手企業に債務が残る場合は、経営者保証が継続する可能性があります。
経営者保証がある場合は、M&A成立前に金融機関と協議し、解除や変更の条件を確認しておきましょう。
経営者保証を含めて売却条件を整理したい場合は、M&Aに詳しい専門家へ早めに相談するのがおすすめです。
売却方法や条件を事前に整理しておけば、経営者保証を含めた不安や確認事項を把握したうえでM&Aを進めやすくなります。
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